Kuidas eraldada DNA-d 500-aastasest inimese hambast

Kuidas eraldada DNA-d 500-aastasest inimese hambast

Järgnev on väljavõte sellest Päritolu: Ameerika geneetiline ajalugu autor Jennifer Raff.

Kohustustest loobumine: kui ostate tooteid sellel lehel oleva Bookshop.org lingi kaudu, võib Science Friday teenida väikese vahendustasu, mis aitab toetada meie ajakirjandust.




Hankige raamat

Päritolu: Ameerika geneetiline ajalugu

Osta

Sellest, kui ma pingis töötasin, oli palju aega möödas, aga nagu maalustas 500-aastase pinna puhastamise protsessi.aasta-vana hammas -valgendis leotamine, DNA-ga loputaminetasuta vesi,a 10-minutiline seanss väikeses ultraviolettkiirguse kastislaud -Tundsin kergendust, kui avastasin, et mul on endiselt 'käed'. anti-iidse labori saastelabori tavad on täpsedavastasin, et need on ka suurepärasedvalmistumine koroonaviiruse pandeemiaks. Te ei tohi kunagi puudutadaoma nägu kätega. Te ei tohi kunagi oma käsi üle andaavage torud ega jätke torusid või anumaid kaanega maha ahetk kauem kui vaja. Iga kord, kui puudutate oma käsimis tahes pinnale, peate neid hiljem pleegitama. Iga kord, kui salaboriruumis töötamise lõpetamiseks peate mõlemat pleegitamatöölaud ja teie kasutatud varustus. See nõuab pidevat meeltkoolituse täitumus ja tunnid selles keskkonnas tegutsemiseks.Laboratoorsed teadlased helistavad kõigile, kes oskavad töötadapingil 'heade kätega' inimene. Muistses DNA maailmas on see enamasti keskendunud kellelegi, kes suudab säilitada seda tähelepanelikkust saastumise ennetamisel.

See obsessiivne tähelepanu steriilsele tehnikale on ainult üks valdkondpoeg, miks vähesed inimesed tahavad meie alal töötada. Teine põhjus onkui harva õnnestub teil DNA luust tegelikult kätte saada.Samas võite saada tohutul hulgal DNA-d vaid tampoonigaelava inimese põse puhul on iidne DNA täiesti erinevlugu. Kahjustatud, killustatud, napp ja tohutute kvantidega segatudtänapäevase DNA saastamise sidemed, on molekulid harva kunagi olemasesineda tuvastatavates kogustes mis tahes luus või hambas,ja nende taastamine on erakordselt keeruline.

Minu usaldus oma käte vastu kasvas, kui kolisin puhastatud ja kuivatatud hamba lähedalasuva pingi suurde kappi. See läbipaistvast pleksiklaasist kapuuts, mille esiosa hingedega avanes täpselt nii palju, et saaksin oma käed sisse libistada, oli tegelikult iidne DNA labor laboris. Meil oli mitu neist laiali mööda ruumi, millest igaüks oli pühendatud mõnele DNA ekstraheerimisprotsessi etapile. Meie tegevuste eraldamine erinevatesse suletud ruumidesse on veel üks oluline kaitsemeede saastumise eest. Kuid ekstraheerimisprotsessi esimese sammuga tuli olla veelgi ettevaatlikum; luu- või hambaproovi mehaanilise pulbristamise tulemusena võib materjal sattuda kogu laborisse. See tähendas, et pean tegutsema kapoti sees veelgi väiksemas ruumis: konkreetsemalt öeldes väikeses plastikust kindalaekas, mis püüab kinni lahtise pulbri. Tõmbasin puuriga ühest küljel olevast pordist läbi ja hakkasin hoolikalt hamba kallal töötama. Hamba pinnamaterjal läks väikesesse plastalusesse, mis visati ära, kuna see on tõenäoliselt saastunud. Laiendasin auku, mida puurisin, ja kraapisin hamba sisemusest pulbri teisele alusele (mis oli eelnevalt ultraviolettkiirgusega dekontamineeritud). Kandiku karbist välja võttes kaalusin selle kaalul: 0,025 grammi – umbes pool materjali kogusest, mida vajasin. Jätkasin hambasse puurimist, püüdes seda pulbri väljakaevamisel mitte lõhestada. See oli minu kõige vähem lemmik samm kogu protsessis – olin pinges ja täielikult keskendunud, kuni olin valanud valge pulbri DNA-vabasse plasttorusse.

Hingasin kergendatult, kui olin lõpuks ammutanud piisavalt pulbrit, et edasi liikuda. Püüame mitte võtta indiviidi jäänustest rohkem proove, kui on hädavajalik DNA saamiseks, ja surve on tohutult mitte rikkuda pisikesi proove.

Kuid hüved on seda survet väärt.

Sellele mõeldes on hämmastav: see pisike väljatõmme 500-aastaselt hambalt, see pulber, mis on väiksem kui näputäis soola, võib sisaldada selle inimese esivanemate tuhandeid aastaid. Täitsin tuubi lahusega, mis sisaldas pulbris sisalduva kaltsiumi eraldamiseks kemikaali, ja seejärel lisasin väikese koguse ensüümi, mis näriks kõik proovis olevad valgud. Lisasin samad kemikaalid teise katsutisse, mis toimiks minu negatiivse kontrollina: test selle kohta, kas ekstraheerimisprotsessi mis tahes järgnevas etapis sisestati DNA-d. Kui neljapäevase protsessi lõpus leitakse minu negatiivses kontrollis DNA, peaksin eeldama, et ka proov oli saastunud. Seejärel peaksin hindama kõiki võimalikke saasteallikaid – kemikaale, torusid, seadmeid, töölauda, ​​vett, oma tehnikaid – kuni probleemi tuvastamiseni ja parandamiseni. Muistsed DNA uurimisrühmad on üles ehitatud usaldusele: usaldus järeltulijate kogukondade ja PI-de (Principle Investigator) vahel, usaldus PI-de ja nende ülikooli administraatorite vahel, usaldus PI-de ja üliõpilaste vahel, usaldus, et kaasuurijatel on head käed, usaldus, reaktiivid on DNA-vabad ja usun, et iga inimene teatab koheselt saastumisest ja teeb kõik endast oleneva selle leevendamiseks.


Väljavõte alates Päritolu: Ameerika geneetiline ajalugu ©2022 Jennifer Raff ja kordustrükk Twelve Booksi / Hachette Booki loalGrupp